Die Ventile im Windkasten sind klassisch als angeschwänzte (d.h. mit einem Lederscharnier versehene) Ventile mit einseitigem Trakturangriff ausgeführt. Als Dichtung dient eine doppelte Belederung. Sie sind aus bestem, feinjährigem und abgelagertem Eichenholz gefertigt.
Die Trakturdurchführungen durch den Windladenboden sind als klassische Lederpulpeten ausgeführt.
Die Kanzellenkörper der Windladen wurden aufwändig ausgespundet, um Windverlust und Durchstechern zwischen den Tonkanzellen abzuhelfen. Nachdem die Flächen neu abgerichtet waren, wurden die originalen Schleifen aus Eiche wieder aufgepasst und, wegen der heutzutage größeren klimatischen Schwankungen im Innenraum, mit Liegelind-Dichtscheiben gegen Windverlust abgedichtet.
Alle Stöcke und die meisten Pfeifenbänkchen sind original erhalten, letztere z.T. mit erheblichen Änderungen aufgrund früherer Umdisponierungen der Orgel. Eine Besonderheit der Kleine-Laden sind die Stockschrauben aus Holz. Alle Stöcke der Manual- und Pedalwindladen sind mit nachgefertigten Holzgewindestangen und Holzmuttern befestigt.
Zur Windversorgung der abgeführten Pfeifen hatte Kleine Holzkanäle und Stockverführungen verwendet, z.T. auch Kondukten. Die originalen Kondukten waren restlos verloren. Um eine sowohl strömungstechnisch als auch nach ästhetischen Gesichtspunkten gute Lösung zu erhalten, wurden verlötete Bleirohre eingebaut. Die vorhandenen Holzkanäle wurden restauriert und z.T. durch Neuteile ergänzt.
Die Spieltrakturen wurden nach Kleines Plänen komplett neu angefertigt.
Die Metallärmchen der Wellenrahmen konnten nach einem ebenfalls im Emporenboden aufgefundenen Original nachgeschmiedet werden. Alle Hebelverhältnisse konnten exakt aus den sorgfältigen Tuschezeichnungen abgenommen werden. Die Wellen sind aus Fichte, die Rahmen aus Eiche gefertigt.
Die Abstrakten aus Fichte sind an beiden Enden mit einer Pergamentmanschette verstärkt, in die Messingdrähte eingeflochten sind. Auch alle Abzugsdrähte und die Verbindungen im Spieltischchassis sind aus Weichmessing angefertigt. Zur Regulierung der Traktur dienen Ledermuttern, die an den Drähten auf gewalzte Gewinde aufgeschraubt sind. Die Trakturwinkel und Holzärmchen sind aus Pflaumenholz hergestellt.
Das Spieltischchassis stellte in seiner aufwendigen Konstruktion eine besondere Herausforderung dar. Insbesondere durch die Erweiterung der Pedaltraktur um sieben Töne war nur wenig Platz für die Koppeleinschaltungen vorhanden. Eine Besonderheit ist die Forte-Piano-Koppel. Bei normalem Tastendruck (bis zum 2. Druckpunkt) erklingt nur das Positiv, bei starkem Tastendruck wird das Hauptwerk mit angekoppelt. So kann z.B. eine Melodieführung „forte“ aus einem mehrstimmigen Satz herausgearbeitet werden. Die Übersetzung der Koppel ist so gewählt, dass die Ventile im Hauptwerk auch bei dem nur geringen Tastenweg (ca. ½ Tastenreise des Positivs) ausreichend weit öffnen. Durch dieses Hebelverhältnis ergibt sich auch ein deutlicher Druckpunkt für den gekoppelten Ton, was das Spiel erleichtert (trotz der dadurch relativ schwergängigen Spielart).
Die Registertraktur war zum überwiegenden Teil noch erhalten, wenn auch in Details umgebaut. Die aus Eisen geschmiedeten Registerschwerter zu den Manualwindladen sind mit säurefreiem Wachs versiegelt. Die Registerknöpfe sind aus Pflaumenholz mit handbeschrifteten Registerschildern aus Pergament.
Alle Pfeifen sind original oder Rekonstruktionen der Originaleentsprechend der originalen Mensurblätter.
Durch Bleifraß angegriffene und beschädigte Pfeifenfüße sind ersetzt worden. Die Metallpfeifen wurden heiß abgewaschen, wobei auf starke Reinigungsmittel und mechanische Einwirkung verzichtet wurde, um die Patina der Oberfläche nicht zu gefährden. Die nachträglich eingeschnittenen Stimmrollen wurden zugelötet und beschädigte Pfeifenmündungen wieder repariert.
Alle Pfeifen wurden gerichtet und rundiert. Beschädigungen wurden nachgelötet und die Deckel der gedeckten Pfeifen erhielten nach der Überarbeitung neue Dichtungen.
Die Prospektpfeifen waren noch vollständig original erhalten. Sie mussten lediglich gerichtet und mit dem Stahl poliert werden und erstrahlen nun in ihrem altem Glanz. Die Posaunenbecher aus Holz wurden nach den originalen Mensurtafeln Kleines in voller Länge angefertigt.
Die Windanlage wurde komplett rekonstruiert.
Die Orgel erhielt wieder drei Keilbälge, die in einem Gestell hinter der Orgel auf der Empore untergebracht sind. Der Wind kann nun von Hand geschöpft werden. Da Einfalten-Bälge keinen konstanten Winddruck abgeben, wurden, den Plänen Kleines entsprechend, noch Blattfedern aus Holz eingebaut. Diese erhöhen den Druck, wenn der Balg voll geöffnet ist, und greifen nicht mehr ein, sobald der Balg etwa den halben Öffnungswinkel und damit einen höheren Druck erreicht hat. Dadurch ist der Winddruck bis auf praktisch nicht mehr hörbare Druckdifferenzen konstant.
Zum alltäglichen Gebrauch der Orgel wurde eine elektronische Balgsteuerung entwickelt, die das Aufziehen der Bälge mit Hilfe eines Gebläses übernimmt. Dabei wird der Wind, wie bei manueller Betätigung, ruhig in die Orgel abgegeben. Der Kanaltremulant (bei Kleine „Schwebung zur Voxhumana“ genannt) ist eine Rekonstruktion nach Kleines Zeichnungen. Dieser entwickelt die überzeugendste Wirkung beim Einsatz mit nur ein- oder zwei Registern.
Das Orgelgehäuse wurde stellenweise stabilisiert und ergänzt.
Insbesondere das Obergehäuse war im Bereich des Mittelturms abgesackt, nachdem ein zentraler Stützträger bei einer früheren Maßnahme entfernt worden war. Die Rückwand musste im Bereich des Untergehäuses teilweise rekonstruiert werden, da hier die originalen Rahmenstücke entfernt worden waren, um Platz für den breiteren, modernen Spieltisch zu schaffen. Die Gehäusetüren in diesem Bereich wurden in historischer Bauweise rekonstruiert und die Beschläge wurden nach den vorhandenen Originalen nachgefertigt. Alle ergänzten Holzteile wurden passend zum Orgelgehäuse farbig gefasst.
Der Orgelbauer hat in seinen Aufzeichnungen ausführliche Anweisungen zur Ausführung der Intonationsarbeiten hinterlassen.
So fordert er z.B., bei Pfeifen den Aufschnitt des Labiums so lange zu erhöhen, bis keine störenden Ansprachegeräusche mehr zu hören sind. Tatsächlich findet man bei den entsprechenden Registern Aufschnitthöhen vor, die für unsere heutige Intonationsauffassung ungewöhnlich sind. Diese betragen für offene Pfeifen 1/3 bis 1/2 der Labienbreite (heute eher 1/4 bis 1/3) und für gedeckte Pfeifen 1/2 der Labienbreite (heute eher 1/3 bis knapp darüber).
Seine Klangbeschreibungen sind detailliert und können direkt als Arbeitsanweisung verstanden werden. So schreibt er z.B. über den Ton der Gamba 8’: „Beim Anhalten mus der Grund-Ton stehen bleiben und nicht in die Neben-Töne durch Übergallen hinaufsteigen“. Das heißt, die angeschlagene Pfeife muss sicher im Grundton erklingen und darf nicht zum Überblasen neigen. Eine Gefahr, die bei einem relativ kräftigen, obertonreichen und engen Register wie der Gambe leicht besteht.
Angelehnt an diese Klangbeschreibungen konnte die Orgel wieder in ein Klangbild überführt werden, das mit hoher Wahrscheinlichkeit der ursprünglichen Intention Kleines entspricht. Nach Absprache mit den zuständigen Orgelsachverständigen Herrn Dr. Franz-Josef Vogt und Herrn Günter Eumann hat die Orgel eine leicht ungleichschwebende Temperatur erhalten. Diese Stimmung nach Neidhart „für das Dorf“ ermöglicht das Spiel in praktisch allen Tonarten ohne extreme Missklänge. Es erhält jedoch jede Tonart einen für sie typischen Klangcharakter, was insbesondere für ältere Orgelmusik bis einschließlich der Barockzeit eine große Bereicherung darstellt.